Monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero

Primer Obispo: Excelentísimo Monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero † (1972‑1981).

Monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero inició su servicio en la diócesis de San Juan de los Lagos a partir del 29 de junio de ese 1972.

Durante más de ocho años de trabajo, monseñor Francisco Javier creó las instituciones básicas de la diócesis: El Seminario, que funcionaba como auxiliar de Guadalajara desde 1903. Monseñor Francisco Javier lo constituyó como Seminario Diocesano desde el 1 de septiembre de 1972; así mismo, estructuró la Curia Diocesana, el Consejo Presbiteral, los Secretariados y la escuela Catequística; también se erigieron nueve parroquias. Durante su labor se distinguió por su sencillez y fidelidad a la Iglesia.

Presentó su renuncia en diciembre de 1980 y fungió como Administrador Apostólico de la Diócesis de San Juan de los Lagos hasta el 4 de septiembre de 1981.

Monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero murió en Guadalajara el 1 de diciembre de 1983, a solo dos días de cumplir 78 años.

Monseñor José López Lara

Monseñor José López Lara †
Segundo Obispo: Excelentísimo Monseñor José López Lara † (1981‑1987).

Monseñor José López Lara asumió el cargo como Obispo diocesano después de la renuncia de monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero. Durante su servicio histórico para la Diócesis de San Juan de los Lagos fue la creación del Colegio de Consultores y el Consejo de Asuntos Económicos; fue un impulsor de la Pastoral Orgánica y logró la elaboración y ejecución del Primer Plan Diocesano de Pastoral, mismo que abarcó los años 1985 a 1988. También impulsó la creación de estructuras pastorales a nivel decanal y parroquial.

Monseñor José López Lara murió un 25 de abril de 1987 ; sin embargo, la vigencia del Plan Diocesano de Pastoral se extendió por un año más gracias a que quedó como Administrador diocesano el canónigo Luis Navarro Romero.

Monseñor José Trinidad Sepúlveda

Monseñor José Trinidad Sepúlveda Ruiz-Velasco
Tercer Obispo: Excelentísimo Monseñor José Trinidad Sepúlveda Ruiz-Velasco † (1988‑1999).

En el año 1988, asumió el cargo de Obispo diocesano monseñor José Trinidad Sepúlveda Ruiz-Velasco, quien impulsó la construcción de la Casa de Pastoral Juan Pablo II y la elaboración y puesta en marcha del segundo (de 1989 a 1995) y tercer (de 1995 al 2000) Plan Diocesano de Pastoral.

El 8 de mayo de 1990, monseñor José Trinidad marcaría la memoria de los fieles de la Diócesis de San Juan cuando, con gran entusiasmo, recibió la visita del ahora Santo, papa Juan Pablo II. Justo en esta etapa se comenzaron a realizar Asambleas a nivel decanal y parroquial.

Murió el 5 de septiembre de 2017.

Monseñor Javier Navarro Rodríguez

Monseñor Javier Navarro Rodríguez
Cuarto Obispo: Excelentísimo Monseñor Javier Navarro Rodríguez (1999‑2007).

Monseñor Javier Navarro Rodríguez inició su trabajo pastoral en la Diócesis de San Juan de los Lagos en el año 1999.

Dirigió la preparación y aplicación del IV Plan Diocesano de Pastoral. Durante su servicio, fueron elaborados documentos fundamentales para la dinámica pastoral, como el Manual de Decanos y la Guía para la Visita Pastoral, quedando en proceso el Manual de Párrocos.

En julio de 2007, monseñor Javier Navarro Rodríguez se despidió de la Diócesis de San Juan de los Lagos para trasladarse a su nueva encomienda: Zamora, Michoacán.

Monseñor Felipe Salazar Villagrana

Quinto Obispo: Excelentísimo Monseñor Felipe Salazar Villagrana (2008-2016).

Monseñor Felipe Salazar Villagrana fue ordenado y nombrado quinto Obispo de esta diócesis el 14 de mayo de 2008.

Continuó la aplicación del IV Plan Diocesano de Pastoral y promovió la encarnación del pensamiento de la V Conferencia del Episcopado Latinoamericano y del Caribe que se reunió en Aparecida, Brasil. Dirigió la preparación y aplicación del V Plan Diocesano de Pastoral.

Obispo emérito desde el pasado 2 de abril del 2016.