Monseñor Javier Navarro Rodríguez inició su trabajo pastoral en la Diócesis de San Juan de los Lagos en el año 1999.
Dirigió la preparación y aplicación del IV Plan Diocesano de Pastoral. Durante su servicio, fueron elaborados documentos fundamentales para la dinámica pastoral, como el Manual de Decanos y la Guía para la Visita Pastoral, quedando en proceso el Manual de Párrocos.
En julio de 2007, monseñor Javier Navarro Rodríguez se despidió de la Diócesis de San Juan de los Lagos para trasladarse a su nueva encomienda: Zamora, Michoacán.