«Por tu limpia Concepción y Belleza sin igual, cúbrenos con tu manto Madre Santísima de San Juan»
Se trata de una estatua de 33 centímetros de altura que representa a la Inmaculada Concepción. De manufactura indígena, hecha de pasta de caña de maíz en los talleres de Pátzcuaro, Michoacán. Fue llevada y donada al pueblo de San Juan Bautista de Mezquititlán por el venerable Fray Miguel de Bolonia.
Después de la reanimación de una niña, en el año de 1623, la imagen fue adquiriendo notoriedad en la región. La tradición señala que una niña, hija de una familia de cirqueros que pasaba por San Juan de los Lagos, ejecutó unas suertes en trapecios y sobre las puntas de espadas y que, resbalando, cayó sobre ellas y murió.
Según la información juramentada de testigos oculares que recogió el capellán Juan Contreras Fuerte en el año de 1634, y quien personalmente conoció a la indígena Ana Lucía, consta que esta mujer indígena, colocando la Imagen de la Virgen sobre el cuerpo muerto de la niña, la hizo volver a la vida.
Este hecho, conocido como “el primer milagro”, ha provocado desde entonces que millones de peregrinos, incluso de fuera de México, asistan con fe a San Juan de los Lagos, buscando algún milagro.
En 1634 el Obispo de Guadalajara, Arquidiócesis a la que pertenecía San Juan, autorizó la devoción a la imagen de la Virgen y proyectó convertir la antigua ermita en un santuario. El 30 de noviembre de 1732 se bendijo y colocó la primera piedra del actual Santuario de la Virgen de San Juan y también el 30 de noviembre pero de 1769 se trasladó solemnemente la imagen de su antiguo santuario al actual.
E1 16 de enero de 1836 la Santa Sede otorgó al santuario de la Virgen el título de Agregada a la Basílica de San Juan de Letrán; el 15 de agosto de 1904 se hizo la coronación pontificia de la imagen; el 4 de diciembre de 1923 se erigió el santuario como Colegiata y en 1947 como Basílica Menor.
Actualmente es el segundo santuario nacional mariano con mayor afluencia de peregrinos, después del de Guadalupe en la Ciudad de México. El santuario es sede de la catedral del Obispo diocesano.