Monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero inició su servicio en la diócesis de San Juan de los Lagos a partir del 29 de junio de ese 1972.
Durante más de ocho años de trabajo, monseñor Francisco Javier creó las instituciones básicas de la diócesis: El Seminario, que funcionaba como auxiliar de Guadalajara desde 1903. Monseñor Francisco Javier lo constituyó como Seminario Diocesano desde el 1 de septiembre de 1972; así mismo, estructuró la Curia Diocesana, el Consejo Presbiteral, los Secretariados y la escuela Catequística; también se erigieron nueve parroquias. Durante su labor se distinguió por su sencillez y fidelidad a la Iglesia.
Presentó su renuncia en diciembre de 1980 y fungió como Administrador Apostólico de la Diócesis de San Juan de los Lagos hasta el 4 de septiembre de 1981.
Monseñor Francisco Javier Nuño Guerrero murió en Guadalajara el 1 de diciembre de 1983, a solo dos días de cumplir 78 años.